Построение рыночной экономики диктовало необходимость готовить специалистов, востребованных на рынке труда, умеющих работать в новых экономических условиях. Это поставило перед руководством новые задачи, предполагающие корректировку учебного процесса, форм и методов работы, введение новых дисциплин, а также открытие специальностей, по которым в стране ранее не готовили, таких как «менеджмент», «маркетинг», «коммерция», «финансы и кредит». Чтобы обеспечить качественную подготовку будущих профессионалов, ректорат провёл структурные преобразования по созданию новых выпускающих кафедр: 1990 год — кафедра отраслевых экономик, преобразованная в 1994 году в кафедру менеджмента (зав. кафедрой профессор А.Н. ЧАПЛИНА); 1993 год — кафедра коммерции (профессор В.В. КУИМОВ); 1996 год — кафедра экономической теории и маркетинга (профессор С.С. ФИРСЕНКО), 2003 год — кафедра финансов и кредита (доцент М.А. КОНИЩЕВА). В 2007 году на кафедре товароведения непродовольственных товаров была лицензирована специальность «Таможенное дело», в 2012 году началась подготовка по направлению «Гостиничное дело».
Переход российского высшего образования на двухуровневую модель образования обусловил открытие магистратуры: в 2010 году в КГТЭИ началась подготовка магистров по направлениям «Технология продукции общественного питания» и «Экономика», в 2011 году – по направлению «Менеджмент».
В 1997 году был сформирован учебный центр повышения квалификации, подготовки и переподготовки кадров массовых профессий, а в настоящее время успешно работает Центр дополнительного профессионального образования, преобразованный из Учебного центра для повышения квалификации кадров торговли и общественного питания (создан в 1991 г.).
С 1996 года в КГТЭИ реализовывался экспериментальный научно-образовательный проект «Профессия — здоровье», связанный с инклюзивным образованием, что потребовало создания условий и оснащения специальных кабинетов для обучения и отдыха студентов с нарушениями опорно-двигательных функций.
1999 год — в рамках проекта непрерывного образования сформировано отделение среднего специального профессионального образования путём реорганизации факультета подготовки специалистов торговли со средним специальным образованием, созданного в 1991 году.
Развитие потребительского рынка требовало всё больше специалистов торговли и общественного питания с высшим образованием, поэтому с 1995 года КГТЭИ начинает открывать филиалы и представительства не только в крае, но и за его пределами: Шарыпово, Минусинск, Ачинск, Канск, Дивногорск, Норильск, Заозерск, Томск, Барнаул и др.
В конце 90-х годов научный потенциал и уровень квалификации преподавательского состава института позволил начать новый этап в образовательном процессе — в 1997 году была открыта аспирантура по «Отечественной истории» и «Математическому моделированию, численным методам и комплексам программ», в 1998 году по «Экологии», в 2003 году по «Экономике и управлению народным хозяйством (сфера услуг)». В 2006-2007 гг. открылась докторантура.
В 2005 году КГТЭИ был передан из отраслевого министерства в ведение Федерального агентства по образованию. В этот период в институте обучалось свыше 8000 студентов очной и заочной формы обучения, работало 4 факультета, 19 кафедр (10 из них выпускающие), отделение среднего профессионального образования, 4 филиала и 5 представительств. Учебный процесс осуществляли 289 преподавателей, из них 33 доктора наук, профессора, 156 кандидатов наук, доцентов.
Высокий кадровый потенциал КГТЭИ был подтверждён решением ВАК РФ: в 2008 году на базе института создан и по настоящее время действует диссертационный совет по защите кандидатских и докторских диссертаций по специальности «Экономика и управление народным хозяйством (экономика, организация и управление предприятиями, отраслями, комплексами: сфера услуг)».
Преподавателями вуза было подготовлено и издано несколько сотен учебно-методических разработок общим тиражом в десятки тысяч экземпляров. По заказу ряда учебно-методических объединений Минобразования России центральными издательствами выпущено более 20 учебников и учебных пособий, в том числе с грифом министерства, авторами которых были преподаватели института. По ним обучались и обучаются не только студенты России, но и стран ближнего зарубежья.
Студенты КГТЭИ всегда достойно представляли вуз на международных, всероссийских, студенческих олимпиадах, конкурсах, конференциях. Традиционными стали организуемые при участии краевой и городской администрации, краевого Законодательного Собрания, вузов-партнёров межрегиональные конференции и конференции с международным участием «Эколого-экономические проблемы региональных рынков», «Региональные производители: их место на современном рынке товаров и услуг», «Сфера потребительских услуг: актуальные проблемы и перспективы развития», «Актуальные проблемы развития потребительского рынка», «Теория и практика коммерческой деятельности», Всероссийская олимпиада по маркетингу, студенческий фестиваль «Сибирь молодая» и др.
Институт активно развивал международное сотрудничество, в том числе с государственным университетом штата Нью-Йорк (SUNY), его колледжем в Онеонте в соответствии с соглашениями, подписанными в 2001 и 2002 году. В них были установлены цели и условия деятельности, обеспечивающие студентам и выпускникам КГТЭИ, обучающимся по специальности «Технология общественного питания» и «Товароведение и экспертиза товаров (в сфере производства и обращения непродовольственных товаров и сырья)» возможность получения степени бакалавра в области экологии человека по направлениям соответственно Food Service and Restaurant Administration и Fashion and Apparel. В КГТЭИ был организован набор студентов для обучения в соответствии с названными соглашениями. Важной составной частью соглашения являлся обмен преподавателями.
Реализовывался договор с Харбинским университетом коммерции. Студенты-технологи неоднократно проходили практику в Китае, работая в ресторанах, принадлежащих Дацинской внешнеторговой компании, согласно договору между администрацией города Красноярска и Правительством города Дацин.
